Projekt otrzyma ponad 61 milionów złotych wsparcia w ramach Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego. Całkowity koszt tego przedsięwzięcia wyniesie ponad 76 milionów złotych. Krakowskie Centrum Badań i Technologii Medycznych będzie zajmować się m.in. leczeniem chorób cywilizacyjnych oraz pracą naukowo – badawczą z wykorzystaniem najnowocześniejszych i najbardziej zaawansowanych technologii. Celem projektu jest stworzenie infrastruktury umożliwiającej kompleksowe udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej oraz prowadzenie badań naukowych na światowym poziomie. Budowa centrum umożliwi także postęp w dziedzinie diagnostyki, leczenia, prewencji, telemedycyny, promowania zdrowego stylu życia oraz wymiany specjalistycznej wiedzy i doświadczeń.

Przy KSS im. Jana Pawła II powstanie m.in.  nowy budynek badawczo-leczniczy dla prowadzenia diagnostyki i obrazowania molekularnego oraz medycyny translacyjnej. W budynku tym znajdą się m.in. Pracownia Badań Genetycznych i Pracownia Innowacyjnych Zastosowań Komórek Macierzystych - pierwsze tego typu jednostki w Polsce. Projekt przewiduje także budowę przy KSS im. Jana Pawła II nowego budynku edukacyjno-szkoleniowego, w którym prowadzone będą programy edukacyjne ukierunkowane na choroby cywilizacyjne.

Projekt budowy Krakowskiego Centrum Badań i Technologii Medycznych ma być zrealizowany do 31 grudnia 2011 przez konsorcjum szpitali, tworzone przez Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II w Krakowie oraz Wojewódzki Szpital Specjalistyczny im. L. Rydygiera w Krakowie. Współpraca pomiędzy ośrodkami zapewni: lepsze wykorzystanie nowych technologii informacyjnych i komunikacyjnych, łatwiejszy dostęp do usług medycznych (także za pośrednictwem szerokopasmowego internetu), optymalizację czasu oczekiwania pacjentów na świadczenia medyczne i wyeliminowanie zbędnych badań, elektroniczne zlecanie badań lekarzom i skrócenie czasu oczekiwania na wyniki.